Una sosta è d’obbligo anche per visitare i resti del villaggio preistorico. Sono state riportate alla luce 23 capanne ovali in pietra dell’età del bronzo (1400 a.C.), una di queste, a pianta quadrangolare, era forse il luogo di riunione e culto della comunità.
Gli archeologi hanno rinvenuto ceramiche, mortai, macine, pentole e vasellame, come se i nostri progenitori siano stati assaliti all’improvviso e tutto sia rimasto così com’era. In ogni caso, il posto da loro scelto non ha eguali: una vera fortezza naturale inespugnabile. Un braccio di roccia proteso in mare, dalle pareti a strapiombo, che non ha niente da invidiare per la vista di cui gode a nessun superattico dei nostri giorni.
Con la caduta dell'Impero romano d'Occidente inizia un periodo di decadenza che aumenta con la dominazione bizantina e diviene ancor più rapida con l'inizio dell'occupazione araba (827/1061). Con l'avvento dei Normanni ricominciò lo sviluppo economico e demografico delle isole (1340-1544 circa). A metà del 1500 infatti gli arabi ricominciarono a insidiare le isole (ne resta traccia nella toponomastica isolana nella baia e relativa contrada di Drautto, dal nome del pirata Dragut. Per le scorrerie della pirateria arabo-turca l'isola rimase pressoché disabitata, gli abitanti infatti non superavano il centinaio. Verso la fine del XVII secolo i contadini di Lipari ripresero a coltivarla (senza portarvici però donne e bambini, per via del pericolo delle scorrerie piratesche).
È significativo come sopra il villaggio preistorico di Cala Junco esista il "Castello del Salvamento" (nella toponomastica eoliana "castello" sta per pinnacolo roccioso di notevole altezza), usato appunto come provvidenziale rifugio degli abitanti durante queste incursioni. In seguito, con il miglioramento della situazione politica nelle isole, la popolazione di Panarea aumentò sino a circa 1000 persone. Ma alla fine dell'Ottocento diminuì nuovamente per via dell'emigrazione, verso Stati Uniti, Sud America e Australia.
Ai giorni nostri la popolazione è intorno ai 200 abitanti stabili (in inverno, nei mesi estivi con i turisti può facilmente decuplicare). Gli isolani vivono ora soprattutto del successo turistico dell'isola, esploso alla fine degli anni settanta, ma iniziato alla fine degli anni cinquanta, con la scoperta di queste isole da parte di villeggianti più avventurosi, alla ricerca di un'oasi di vita più semplice e a contatto diretto con la natura.
Il Museo di Panarea, Sezione Distaccata del Museo di Lipari, è stato inaugurato nell'estate del 2006 e si articola in due Sale Espositive nei locali della Chiesa di S. Pietro.